El ruido va a ser el mismo encima que debajo. La distancia de la caja a tu oído no va a variar más allá de 10cm.
Yo lo colocaría arriba por varias razones.
En primer lugar por ergonomía, es notablemente más cómodo pinchar un USB en el frontal a la altura de la cabeza que a la altura de la rodilla. Y si el puerto a pinchar está en la parte posterior, con la caja en el suelo es bastante más complicado aún.
En segundo lugar por higiene, la cantidad de mierda que va a aspirar el PC a ras de suelo es bastante mayor que en la mesa. Sólo te hace falta fijarte en oficinas en las que están en el suelo y abrir uno para darte cuenta de la diferencia de porquería con uno de sobremesa.
En tercer lugar por seguridad, en el suelo ventila peor, si hay incendio va a quemar lo que tenga encima , que siempre sera mas y con mayor peligro que si está encima de una mesa sin nada. Además en el suelo no es el primero que acaba de estantería improvisada y con papel variado encima.
Y por último, en el suelo es más propenso a sufrir golpes y hasta que si tienes perro, acabe rascándose en el.
