El caso es que el emule utiliza un montón de conexiones entrantes de clientes que se bajan tus archivos. Hay un montón de ellos (miles) que están en cola, esperando para poder bajarse tus archivos. Cada cierto tiempo estos clientes "preguntan" a tu router si hay conexiones disponibles.
Cuando cierras el emule, lo que sucede es que los demás clientes no tienen forma de saberlo hasta que no preguntan a tu router y se encuentran con que no responde.
El caso es que todas estas peticiones, hacen al router creer que está sometido a un ataque, y en ocasiones hacen que se bloquee.
Soluciones:
1) Apagar y encender el router tras cerrar el emule. Si tienes IP dinámica (lo normal hoy día), se te asignará una IP nueva y por tanto las peticiones de los clientes de emule no llegarán a tu equipo.
2) Bajarse el firmware beta que aparece en la página de usrobotics. Mucha gente dice que les soluciona los problemas de cortes.
3) Bajar el tamaño de la cola de espera en preferencias del emule. Esto hará que el número de usuarios haciendo peticiones disminuya, pero si lo bajas demasiado, será mas dificil que consigas créditos para situarte arriba en las colas de descargas.
Saludos.