El puerto LAN del router es simplemente parte de un switch, por eso te recomendé que revisases con netstat qué tipo de tráfico había. Ten en cuenta que si tienes más equipos en esa LAN con los que ese Windows Server se esté comunicando, los leds asociados al puerto del switch van a seguir parpadeando, aunque ni siquiera tuvieses Internet. De ahí que me sorprendiese tu consulta, los leds indican simplemente tráfico ... tal vez tu preocupación es saber si este tráfico es de Internet o no.
Con netstat -b puedes ver cuál es el proceso asociado a cada conexión. Hay otros programas que te lo sacan de forma más cómoda; yo suelo usar SIW, aunque nunca lo he probado en un server. Así podrás intentar diagnosticar qué programa pertenece a cada conexión, y empezar por ahí a tirar del hilo, para saber si es un proceso legítimo del sistema, algún programa que se autoactualiza (p.e. Java, Adobe Acrobat, Adobe Flash, McAfee, Kaspersky, etc) o algún troyano indeseado que se te haya colado.