A mi me pasaba lo mismo con el eDonkey después de un mes de uso del pc... la verdad es que mosqueó bastante porque noté que los juegos me iban más lentos.
Investigando por ahí di con el error que al menos me pasaba a mi. Resulta que tenia un HD 80Gb a 7200rpm que se conecta con UDMA 5, pero el XP tiene una "graciosa" cualidad, que si has tenido unas 6 veces pérdidas de datos por culpa de nosequé cable ide que los HDs ATA100 (los de 7200rpm) recomiendan pues en modo de acceso en lugar de UDMA5 te pone PIO...
Solución: Mirar en Panel de control, vista clásica, Sistema, Hardware, Administrador de dispositivos, Controladoras IDE ATA/ATAPI, Canal Principal (en mi caso, era el HD principal), Botón derecho propiedades, Configuración Avanzada, Dispositivo 0 (lo dicho, era el HD principal) y mira si está en modo PIO o UDMA5 (en caso de tener un HD a 7200) u otro UDMA... total, si estás en pio lo único que puedes hacer (no vale cambiarlo, el xp no se deja) es en la ventana de administrador de dispositivos eliminar el Canal IDe que sea (principal en mi caso) y reiniciar el pc... así te autodetecta otra vez el dispositivo y te lo coloca a UDMA..
En mi caso la diferencia fué abismal... el hasheo tardaba muchísimo menos en UDMA que en PIO y el consumo de cpu iba del 5% o así al 100% que usaba el PIO... además cuando no hashea sino que baja de normal el pc ya no me ralentiza en absoluto los juegos...
Espero que te sirva de algo...