Por tenerlas en un sitio u otro no te va a disminuir el rendimiento. Si las pones en las propiedades de la t.red, esas son las que usará. Si las dejas en blanco (o automatico), usará las que tenga el router.
Sobre lo de cambiar primaria por secundaria, pues no pasa nada. Estarías diciendole que la anteriormente secundaria, va a ser la primaria, y viceversa con la anteriormente primaria. Tu prueba con una y con otra a ver cual te va mejor.
La que va a usar siempre, es la primaria, y en caso de fallo, usará la secundaria ;-)