Además de las mencionadas, prueba también con una utilidad de "escritorio múltiple".
Existen bastantes aplicaciones, pero te recomiendo una muy sencilla y funcional de la propia Microsoft, que además no te debiera dar problemas de instalación incluso con privilegios de usuario: Desktops v1.02.
Te descargas el archivo ZIP que contiene el ejecutable y lo descomprimes. Según ejecutas el programa la primera vez, te aparece la ventana de configuración donde indicar la combinación de teclas para cambiar entre los cuatro escritorios (ver icono de sistema junto al reloj). También puedes configurar la utilidad para que se ejecute al inicio de windows.
La idea es que abras una aplicación en un escritorio, y la otra en otro. Podrás ir cambiando de escritorio a golpe de teclas sin necesidad de cerrar las aplicaciones, aunque alguna de ellas esté maximizada y/o modal al frente (on-top), como comentas.