No, de hecho todo teléfono Android para poder disponer de las aplicaciones de Google tiene que pasar unos tests de compatibilidad denominados CTS (Compatibility Test Suite) que garanticen que los cambios que ha hecho el fabricante no impiden el normal funcionamiento de las aplicaciones.
Hay que decir, eso sí, que este test no es infalible y en diversas ocasiones se dan errores por ejemplo que solo ocurren en Samsung (más antes que ahora, todo hay que decirlo).
Pero tampoco es algo que te deba preocupar, porque precisamente por la popularidad de Samsung los desarrolladores de aplicaciones (y lo digo con conocimiento de causa) ya se aseguran de que sus aplicaciones funcionen bien en Samsung.
Otra cosa es que hay ciertas marcas que a veces hacen limitaciones más o menos agresivas de aplicaciones en segundo plano (pero la verdad es que en mayor o menor medida están todas), lo puedes ver en dontkillmyapp.com Pero dicho lo cual si te llegase a afectar esto lo más probable es que la aplicación te diese instrucciones para desactivar dichas limitaciones para esa aplicación.
Y ya te digo, las aplicaciones siempre se prueban bien en Samsung al desarrollarlas, debido a la gran cantidad de móviles que venden, o sea que sin problema.
Además te digo una cosa, yo suelo preferir Android más puro (de hecho tengo un Google Pixel), pero la verdad que la capa de Samsung para mi gusto mejoró enormemente, si hace tiempo que no la probaste igual te llevas una grata sorpresa