Dices que la distancia entre almacen y tienda supera 1 Km. Tu objetivo es que mediante el factuplus, hacer control de stock en el cual los dos pc's de almacen serian para entrar datos, y las oficinas para hacer consultas.
Primero tienes que decidir como vas hacer la comunicacion. Podrias optar de hacerlo por radiofrequencia o bien por adsl.
En un principio radiofrequencia tendria un coste incial de inversion bastante alto, ya que cubrir esa distancia seria costo, sin saber a ciencia cierta que potencia de señal que recibirias y a que velocidad.
La alternativa es adsl, con un coste inicial bastante bajo pero a diferencia de radiofrequencia, tendras un coste mensual. La idea seria contratar lineas adsl en la tienda y en el almacen y montar una VPN con routers especificos (antes informate muy bien lo que tienes en el mercado y qual se adapta mejor a tus necesidades)
Tambien aconsejaria montar un firewall (al menos) en el almacen, ya que se supone que es donde se hacen las consultas.
Lo segundo comprovar el soft. En un principio deberias utilizar el factuplus la version elite, que si no me equivoco permite trabajar multiusuario. (No se si es la version que utilizas actualmente)
Lo tercero, que tipo de seguridad quieres, en que ordenador tendras la base de datos, con que sistema operativo y que tolerancia de errores quieres que te cubra la maquina.
Este sistema seria para hacer que los ordenadores de oficina y almacen esten en la misma red. Podrias compartir unidades, impresoras, .... Recuerda que las consultas que puedan efectuar desde oficinas ira a una velocidad mas bien lenta pero sera real.
El otro sistema que comentas, de hacerlo mediante control remoto, tambien es una alternativa, quizas la mas economica, pero posiblemente la mas vulnerable, ya que si alguien entrara tomaria el control rapidamente (aunque si pusieras firewall seria mas costoso)
Si tienes cualquier duda, dimelo