El mayor foco d posibles problemas seria mas la propia actualizacion d 98 a xp q puede salir bien a la primera o te puede traer d cabeza con todo tipo d conflictos.
Una vez q tengas el sistema actualizado no necesitas el partition, dentro del propio xp hay una utilidad (convert) q permite pasar d fat32 a ntfs, aunq el partition suele dar buen resultado es preferible usar las herramientas d windows como primera opcion.
Eso si, n el caso d q veas problemas despues d pasar d un windows a otro, no t comas la cabeza a lo tonto, haces copia d seguridad d los datos y formateas como ntfs instalando un xp oem (desde 0), es lo mas practico, sobre todo teniendo n cuenta q la actualizacion tiene mas d loteria q d otra cosa.