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Os cuento que tengo Shred integrado en el contextual de Nautilus, usando nautilus-actions-config y con los parametros -f -u -v -z %M
No logro que se calce directorios...
Una explicacion del asunto a fin de ponerlo en orden?
Un saludo
-No sé cómo se haría, pero una opción a shred es wipe:
- Borrado seguro de archivos:
$ wipe [nombre_archivo] (se sobreescribe 34 veces)
$ wipe -f (borrar sin pedir confirmación) -q (borrado rápido {4 veces}) -i (muestra el estado del proceso)
$ wipe -fi [nombre_archivo] (forma idónea de borrado)
- Borrado seguro de directorios:
$ wipe -r [nombre_directorio] (se sobreescriben 34 veces los archivos y subdirectorios incluidos)
$ wipe -r (borra directorio con sus archivos y subdirectorios incluidos) -f (borrar sin pedir confirmación) -q (borrado rápido {4 veces}) -i (muestra el estado del proceso)
$ wipe -fri [nombre_directorio] (forma idónea de borrado)
Muy posiblemente ya lo hayas hecho o ojeado, pero has visto esto?
Parece que esa configuración (date cuenta que es un gif animado) también se "calza" los directorios 
Aunque yo soy más partidario de usar el trucrypt en el día a día y cuando se tienen que borrar datos como dios manda en algún disco duro, usar dban 
Saludos 
Truecrypt básicamente te permite cifrar volúmenes (que al final no deja de ser un fichero que se monta como una partición) o directamente particiones de sistema.
Y si, no borra de forma segura ficheros/directorios 
Aunque lo que si permite es proteger con encriptación tanto los ficheros en uso como los ficheros/directorios que no se han borrado de forma segura. Siempre y cuando estén en el volumen/partición de truecrypt.
Es otra aproximación al tema de la confidencialidad de datos, sean borrados o no. Nada más
Y cuando hay que deshacerse de algun disco duro antiguo, pues nada como alguno de los algoritmos de borrado seguro que incorpora dban
Saludos
Otra opción también es srm (instalar el paquete secure-delete), de funcionamiento más lento, pero dicen que más efectivo:
- Borrado seguro de archivos:
$ srm [nombre_archivo] (se sobreescribe 38 veces)
$ srm -f (modo rápido e inseguro) -l (usar dos veces el modo rápido e inseguro) -z (sobreescribe ceros en el último borrado) -v (muestra el estado del proceso)
$ srm -zv [nombre_archivo] (forma idónea de borrado)
- Borrado seguro de directorios:
$ srm -r [nombre_directorio] (se sobreescriben 38 veces los archivos y subdirectorios incluidos)
$ srm -r (borra directorio con sus archivos y subdirectorios incluidos) -f (modo rápido e inseguro) -l (usar dos veces el modo rápido e inseguro) -z (sobreescribe ceros en el último borrado) -v (muestra el estado del proceso)
$ srm -rzv [nombre_directorio] (forma idónea de borrado)
