Pues no lo tengo yo tan claro, sobre todo con los Windows modernos, tipo Windows 7. Suelen ser muy delicados a los cambios relevantes de componentes, como la placa base.
Mirando un poco en Internet he encontrado el siguiente enlace:
(link roto)
Donde dice expresamente lo siguiente:
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the oem microsoft license agreement says:
"An upgrade of the motherboard is considered to result in a "new personal computer" to which Microsoft® OEM operating system software cannot be transferred from another computer. If the motherboard is upgraded or replaced for reasons other than a defect, then a new computer has been created and the license of new operating system software is required."
if you have your own upgrade or full retail version of windows then do a new install after you've installed the motherboard.
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Como puedes ver, luego se puede matizar, dependiendo del tipo de licencia que tengas (OEM o Retail).
Si la tienes OEM se complica más el tema (aunque si lees en el post anterior se puede solucionar también hablando con Microsoft en el peor de los casos). Si la tienes Retail puedes emplear las ¿cinco? instalaciones que te permite hasta que se queja el SO (y aun así, puedes arreglarlo hablando con Microsoft y explicándoles el caso, no suelen poner pegas).
Vamos, todo este tocho de mensaje para decirte que lo mismo no te funciona el cambio. Yo lo intentaría, pero iría con la mentalidad de que seguramente te toca reinstalarlo todo.
Suerte!