Por lo que me cuentas, win98 y win2000 están instalados en particiones diferentes, y win98 no ha machacado el sector de arranque de la partición del otro (sinó no podrías arrancar 2000).
Como has hablado de PartitionMagic, puedes utilizar bootmagic para conmutar entre uno y otro sistema operativo.
Pero lo mejor es incorporar la partición de win98 al menú de arranque de win2000, que ahora mismo solo tiene una opción, y por eso no se muestra en pantalla.
Bájate el programa bootpart de winimage.com/bootpart.htm
Con este software podrás incluir la partición de win98 en el sistema de arranque de windows 2000. Luego no tendrás más que marcar como activa la partición de éste sistema operativo. Al iniciar (y ahora que tiene 2 opciones) te preguntará que quieres iniciar. Salu2.
P.D.: el programa es de consola. Si no estás muy familiarizado con este tipo de programas quizá te cueste. En ese caso mándame un mail a axelko@euskalnet.net