Como 98 es mas antiguo se apropia del sector d arranque e inutiliza el gestor d arranque d 2000. El truco está n instalar 1º 98 siempre, a ser posible n c, por si hay problemas n el disco duro poder poner n marcha la maquina desde floppy, arrancar 98 y con un programa tipo drive image restaurar la 2º particion, si tienes c n ntfs, al 1º fallo el ordenador no arrancará.
Una vez q tengas 98 con sus drivers y demas, pones el cd d 2000 y le dices q quieres hacer una instalacion limpia (ojo, actualizar no, limpia) y n las opciones pides elegir la particion d destino, el instalador copiará los archivos q necesite y reseteará la maquina, sale un menu d arranque un segundo y despues sigues el proceso d instalacion d 2000, obviamente n d, es aconsejable q la pongas n ntfs (98 n fat/fat32, como prefieras) una vez q acabes la instalacion d 2000 cuando arranques tendrás un menu q t da a elegir q sistema quieres usar, el tiempo por defecto es 30 sg para elegir, pero editando boot.ini q está n c:\ puedes cambiar el sistema por defecto y el intervalo (haz siempre copia d seguridad antes d tocar este archivo por si acaso)