Yo siempre he usado el término trunk para referirme a los enlaces que usan tagging para transmitir tráfico de distintas VLAN. De hecho, al configurar puertos de un Catalyst, puedes especificar que funcione en modo acceso o en modo trunking, especificando a su vez el tagging usado, ISL o 802.1q (últimamente sólo este último).
Buscando información me he encontrado con que parece que también se usa el término trunk para referirse, como bien dices, a la agregación de enlaces. No recuerdo el nombre con el que yo me refería a estas agregaciones, lo buscaré.
Respecto a la pregunta que abrió el hilo, supongo que la solución será activar tagging en el puerto que enlaza el linksys con el otro switch, pero ignoro como se hace en un Linksys. Si fuese un Cisco te lo podría decir.
Editado: Edito para corregir algunas cosas que estaban mal, y ampliar información.