El messenger desde el principio funciona sobnre http, tu cliente hace peticiones http a un servidor en internet y por ahí intercambiaba la información (además de H323 para audio y video ydemás accesorios).
Desde hace un par de versiones, los clientes estan basados en SIP (session initiation protocol) que es un protocolo mas moderno que puede aglutinar todas las funcionalidades en él, desde la mensajería instantanea hasta la videotelefonía.
Lo que pasa es que microsoft va a apagar los servidores HTTP que dan soporte a las versiones mas antiguas, por lo que solo serviran los clientes que funcionan con SIP. Esto también significa que los clónicos del messenger que sigan explotando el sistema de pooling HTTP dejarán de funcionar.
Un saludo.