Aporto nueva información que no había comentado:
1) El antivirus ya fue probado. Incluso quité el que tenía caducado (Kaspersky) y puse el Microsoft Security Essentials.
2) El restaurar también lo he probado, y nada.
3) El Visor de Eventos muestra errores del tipo: "No se ha podido acceder a la unidad Drive(N)" y quien lo dice es el driver de la controladora (iAStor: Intel Matrix Storage)
4) Hoy tampoco me aparecían los dos USB externos, tras reiniciar ya si, ahora también me ha desaparecido otro disco duro (de los 3 que tengo). He probado en MODO SEGURO y lo veo todo correctamente. Vuelvo a modo normal y dos unidades no son accesibles. En una de ellas esta vacía, la otra veo los directorios pero sin poder acceder a ellos.
En todos los años que llevo no me he encontrado con nada igual...