Leo en El Español / El Androide Libre que Signal es la elegida por Meta como estándar a seguir para la interoperabilidad. Dado que ya comparten el protocolo de cifrado de extremo a extremo, la compañía tras WhatsApp asegura que permitirá protocolos diferentes, pero tras revisarlos, mientras que el de Signal funcionará por defecto; se menciona en el artículo que cuando alguien nos hable a través de otra app, se mostrará su nombre de usuario como si fuese de WhatsApp, ya que Meta le asignará un identificador interno y usará los mismos protocolos y datos que si fuese un usuario de WhatsApp. En el artículo no se menciona nada de que deba ser el usuario de WhatsApp el que active esa interoperabilidad desde la app, se habla de ello como si se pudiese hablar a alguien y aparecerle como conversación normal. Quizás el "third party chats" sea solo para aquellos protocolos diferentes al de Signal y WhatsApp.
Fuente: El Español/El Androide Libre