El problema que yo veo es que si realizas taladros en la caja te entrará polvo y agua. Dices que no le llegará a la electrónica, ya que se encuentra en la parte de arriba de la caja, pero que pasa con la condensación. Si entra agua, se evapora y luego condensa si que le llega a la electrónica.
Otra cosa a tener en cuenta es que en un dia de invierno que halla niebla, pues también corres el peligro de que se produza condensación en el interior de la caja.
La opciones que yo utilizaría sería:
1ª La que se ha propuesto antes de los tubos y los ventiladores, pero con una salvedad: poniendo algún tipo de filtro que evite que pase humedad y polvo al interior de la caja.
2ª Caja completamente cerrada, pero refrigerada por líquido. Digamos que usar algo similar a la refrigeración líquida para los PC, aunque la podemos diseñar completamente nosotros; si somos algo manitas.