La proteccion es la misma sea particular o seas empresa, todo va mediante certificados de seguridad y cualquier operacion va firmada con unas claves adicionales (no basta solo con entrar). Segun la entidad usan una contraseña adicional, confirmacion de operaciones via sms con codigos distintos o una tarjeta de coordenadas.
Con los pagos con tarjeta si el comercio esta dado de alta en comercio electronico seguro (el 99% de los tpv que dan de alta los bancos) tampen te piden clave adicional. Es decir, impiden que alguien que encuentre la tarjeta pueda hacer pagos. Si el pago no va por comercio elctronico seguro y va por ssl puedes tirar el pago atras con bastante facilidad a no ser que el comercio demuestre q entrego la mercancia al titular.
Seguridad hay, lo que hay es desconocimiento y miedos infundados ya que los datos de la tarjeta en comercios seguros ni siquiera salen de tu banco