si te refieres al famoso QoS de Windows, la gente se ha hecho verdaderas "pajas mentales" con él, la gran mayoría de ellas inexactas.
Windows gestiona las conexiones en igualdad de condiciones, sin reservar ningún porcentaje, haciendo lo que puede (el famoso best effort)... e incluyó este sistema como forma de posibilitar que ciertos programas pudiesen reservar un porcentaje del caudal necesario a sus necesidades, pero nunca de forma que produjese un malgasto de caudal...o afectase negativamente a otras aplicaciones.
Ahora bien, en el tema e-mule, en condiciones normales el va a absorber la totalidad de la conexión por sí solo, y no hay nada que puedas hacer para optimizar eso, ni para que vaya mejor.
Las optimizaciones de emule siempre me han parecido como los vendedores de crecepelo... (excepto la limitación de fuentes para no colapsar la memoria donde tu router almacena la tabla nat)... yo en mis tiempos de mule (ahora mldonkey desasistido en un servidor) siempre funcioné con los parametros por defecto, ni más ni menos... y si hay fuentes bajará al galope, y si no, a paso de tortuga... no hay más ciencia.