El móvil viene capado para que se maneje con un usuario concreto (usuario al estilo Windows, Linux, etc) el cual está también capadillo para que sólo puedas hacer con él lo que te dejen.
Por otro lado hay un usuario que tiene permiso para todo, que es el administrador del sistema o super usuario, y a este se llama root (al menos en los sistemas operativos tipo UNIX).
Pues le llaman rootear a conseguir acceder al móvil con ese usuario root. Rootear pues es tener control total sobre el móvil. Luego viene saber como aprovechar eso para conseguir lo que quieras. Rootear no es hacer una modificación en el móvil, si no conseguir el control sobre él para poder hacerla.