La respuesta categórica es:. Debes seguir el estándar.
Como ya has descubierto, los pares van trenzados para reducir la diafonía (cross talk en inglés).
¿Qué es eso de diafonía?
Para explicarlo lo primero es establecer que ciertos pares se usan para transmitir y otros para recibir. Cada par es un canal de transmisión independiente.
Diafonía significa que en un canal llegas a escuchar la transmisión que se produce en el otro. Así que si estas transmitiendo un dato, puedes llegar a escuchar ese dato como si viniera del equipo remoto. Es el efecto que tenías antiguamente con las líneas telefónicas de larga distancia en el que oías otras conversaciones que iban por distintos hilos agrupados en el mismo cable gordo.
¿Por qué se produce la diafonía?
Cada cable lleva una corriente eléctrica y es la variación de esta corriente la que codifica la información que se transmite por el cable.
Tal y como dice la física que se estudian los niños, una corriente en un conductor produce un campo magnético. Al variar la corriente el campo magnético que genera tb cambia.
Ahora tenemos un nuevo cable junto al primero, la misma física te dice que un conductor que recibe un campo magnético cambiante genera una corriente proporcional al cambio del campo magnético.
Así que sin que el emisor genere una señal, el propio cable influido por el campo magnético copia la señal del cable que tiene al lado.
¿Cómo puede el trenzado reducir la diafonía?
La señal se transmite usando dos hilos, que es lo que llamamos par. Estos pares llevan una señal diferencial: cuando la corriente en un hilo se mueve en un sentido, en el otro se mueve en el sentido contrario. Es decir, que cada hilo del par genera un campo magnético opuesto. De tal forma que al trenzarlos entre sí, el campo magnetico que producen se anula. Por eso el trenzado reduce la diafonía.
Cuanto más largo sea el cable, más diafonía tendrás, pues más exposición hay de los hilos al campo electromagnético generado por los otros.
¿Cómo van los pares en el conector ethernet?
Para 100base-T se usan los pares 2 y 3 de la imagen anterior.
Para 1000base-t se usan todos los pares.
¿Puede funcionar si no lo haces bien?
Sí, claro. Hay muchos mecanismos de detección y corrección de errores por medio: a. nivel físico hay hardware para la reducción de eco, a nivel de enlace de datos hay detección de errores en el hardware de la tarjeta de red, en el driver de la tarjeta de red que sigue el protocolo ethernet, en el protocolo IP, en el protocolo TCP, en la propia aplicación que uses, etc.
Pero al final corrección de errores significa retransmisiones y retardos, y las retransmisiones significan pérdida de ancho de banda disponible. Pues para transmitir cierta cantidad de datos realmente estás transmitiendo mucho más.
Conclusión
Por ahorrarte unos minutos en hacerlo bien, estás metiendo millones de retransmisiones por día que hacen bajar la eficiencia de la transmisión de datos.