He revisado el manual y ese jumper lo único que hace es dar tensión o no en Standby, tanto al puerto PS2 cómo en el de USB, pero no los deshabilita. Se supone que se habla del mismo jumper, que está justo enfrente del puerto PS2, señalado cómo "1". No tiene misterio y sólo tiene dos posiciones, la 1_2 (+5V) o la 2_3 (+5VSB).
Imagino que no reconoce en ningún puerto, incluso en los traseros, si es que también tiene delanteros en la caja.
Revisa bien lo que hayas tocado, incluso si has sacado la placa base, que no sea que al volver a ponerla haya un corto.
No se me ocurre nada más, y no quiero decir que se ha estropeado la controladora (aunque no sé que has hecho realmente). A ver si se me está escapado algo lógico y ahora no lo veo, que estoy algo espeso y a alguien más se le ocurre decirte alguna cosa.
Cómo último recurso, eliminar desde el administrador de dispositivos lo relacionado con los puertos USB y reiniciar, a ver si los vuelve a reconocer, pero no es lógico...
Por curiosidad, ¿porqué lo tocaste? ¿Iba bien antes?
Saludos.