Cada vez que quieres acceder por ej a un sitio web, tus paquetes van saltando entre diferentes "routers" hasta llegar al "router" donde está el servidor web alojado. Cada salto entre router el TTL se va reduciendo, si tienes un TTL demasiado bajo puede llegar a 0 antes de llegar al "router" donde está el servidor web y por lo tanto se descarta por el camino.
Al habilitar la VPN, tus paquetes solo saltan hasta la VPN y el resto de la ruta la cubre la VPN por lo que se podría admitir un TTL menor.
Como se configura o mira el TTL actual en tu mikrotik no tengo ni idea ya que nunca he tenido la suerte de meterle mano a uno.
Te hago un copy&paste ya que lo veo mejor explicado y complementar mi explicación:
¿Cómo funciona el TTL?
Veamos ahora con más detalle cómo funciona realmente el TTL. Ya sabemos que su valor determina el tiempo (o el número de saltos) que un paquete de datos existirá antes de que un router lo rechace. Sin embargo, la forma en que funciona es un poco más compleja de lo que podrías imaginar.
Cuando asignas un TTL a tu paquete de datos, éste lleva este número como un valor numérico en segundos. Cada vez que el paquete llega a un router, éste le quita un número al valor TTL y lo pasa al siguiente paso de la cadena.
Si el paquete de datos se pasa demasiadas veces, su valor numérico llegará a cero. Si esto ocurre, no logrará realizar la conexión completa, y el router lo descartará.
Recibirás entonces un Protocolo de Mensajes de Control de Internet (ICMP), que es un tipo de mensaje de error. Por ejemplo, si tus datos tienen un TTL de 300, sólo pueden pasar por diferentes routers un máximo de 300 veces.