Segun mi experiencia te deberia ir un par de grados mas frio en linux que en windows.
Cuando te esta llendo al contrario, lo mas seguro es que sea culpa de algun proceso que esta consumiendo cpu de una forma anormal.
Arranca en linux y pon el top para ver que procesos te estan consumiendo que cantidad de cpu, si estas en la consola con las X sin arrancar, es raro que algun proceso te consuma mas de un 3-5% de cpu y eso de forma muy puntual, normalmente la mayoria de los procesos deberian estar en sleep y sin consumir cpu a no ser que tengas algun servicio con mucha demanda como un servidor de ftp, http etc con muchos usuarios conectados.
De todas formas, aparte de la diferencia de temperatura entre windows y linux, las temperaturas que dices son demasiado elevedas hasta para un athlon si está sin hacer nada, mira a ver si se te ha movido el disipador de el procesador y esta haciendo mal contacto, dices que hasta hace poco no te pasaba esto, asi que lo mas logico es que algo se haya movido de sitio o alguno de los ventiladores esté en las ultimas, revisa los rpm de los ventiladores desde la bios si tienes esa opcion o asegurate de que los ventiladores no hagan un ruido anormal, no estén excentricos y vibren etc...
Un saludo.
