No se aplican los mismos permisos a todos los archivos de una carpeta

Tengo una carpeta con muchas subcarpetas y muchos archivos con permisos a varios usuarios e intento darle permisos a un nuevo usuario, pero no se aplican en todos los archivos, en algunos, aun estando dentro de la misma subcarpeta y siendo archivos similares a otros que si se le aplican los permisos.

Se os ocurre qué puede pasar y como forzar para que los permisos se apliquen a todos los archivos?

Gracias.