De toda la vida, los programas en Windows son comunes excepto programas que no requieren derechos de administración para instalar (que son muy pocos).
Cuando un programa se instala, copia los iconos a un usuario que se llama "Acceso Público", y lo que tiene ese usuario en su escritorio y menú de inicio, lo ve todo el mundo. Eso si, sólo los administradores pueden eliminar iconos que corresponden a "Acceso Público".
Si instalas un programa y no quieres que aparezcan los iconos en otros usuarios, (en los casos en los que el instalador no pregunta si quieres que la aplicación se instale "sólo para mi" o "Todos los usuarios"), lo que tienes que hacer es ir a la carpeta
%public%\Desktop
cortar los iconos y pegarlos en
%UserProfile%\Desktop
Y hacer lo mismo con los iconos del menú de inicio, ve a
%AllUsersProfile%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs
Y pégalo en
%AppData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs