Pues leyendo el changelog de la última beta de utorrent, veo que ya han implementado la encriptación del protocolo: Feature: Protocol Encryption (compatible with future azureus). TorrentFreak ( Encrypting Bittorrent to take out traffic shapers) también habla sobre el tema.
Lo he bajado y por ahora esto rula que da gusto, bajando a 300KB/s (ono 4Mb) aún estando capado (emule me baja a 15 y puedo dar gracias...). Bueno, esto solo con algunos torrents ya que el requisito será que varios seeds o peers tengan también el utorrent beta o azureus beta o caulquier cliente que implemente alguna de las dos formas de encriptación. Para el resto de los peers, usará un modo "legacy" (recién arreglado en la última beta de utorrent) que, pues eso, no encriptará.
En general teniendo en cuenta que hay mucha gente utilizando utorrent beta y azureus (las futuras versiones lo llevarán por defecto claro), los torrents irán cada vez más rápidos a no ser que ONO haga algo más heavy, que por ahora lo dudo.
Mi propia experiencia: en torrents de mayoría de españoles me sigue yendo bastante mal, 20KB/s a lo sumo. En torrents guiris/yankis, me da una media de unos 100KB/s. Algunos torrents excepcionales (ps2backups... etc) me van velocidad vértigo (media de 300 y hasta picos de 450), pero esto solo ha sido en un par de torrents. Es decir que hay luz al final del tunel.