Primero, diferenciar que hay perfiles locales y perfiles móviles.
Los perfiles locales se almacenan en cada máquina en la que inicias sesión con tu usuario del dominio, es decir, si te validas en 2 máquinas distintas, los perfiles serán distintos, los cambios cuando cierras sesión se guardan independientemente en cada máquina en la que te hayas validado.
Los perfiles móviles, se guardan en una ruta de red \\servidor\recurso\perfil y se definen en el directorio activo (o en NT en el administrador de usuarios para dominios), si tu inicias sesión y tienes perfil móvil, los datos del perfil se descargan a tu máquina donde te validas, teniendo tu ntuser.dat (parte del registro de tu usuario), favoritos, escritorio, y demás carpetas que engloban tu perfil, hay carpetas que se omiten (temp, configuración local\datos de programa\outlook), es decir, independientemente de la máquina donde te valides vas a tener tu perfil contigo y tu configuración. Eso sí, comentar que se puede tener un perfil independiente por usuario o un único perfil móvil para varios usuarios.
Perfiles mandatorios, aquellos que no pueden ser modificados, pueden ser locales o móviles. Para hacer esto basta con renombrar ntuser.dat a ntuser.man.
El perfil de windows es el perfil que se usa en las estaciones de trabajo (puede ser local o móvil, y a su vez, modificable o mandatorio).
El perfil de terminal server es el perfil que se usa para los servidores de aplicaciones "terminal server", de todas formas, si no se especifica nada en el directorio activo, coge por defecto el perfil de windows (si es movil), y si se especifica pues usa el personalizado.
Ni que decir tiene que todos los perfiles se ubican en C:\Documents and settings\usuario y que se puede usar la variable %username% para establecer valores en las propiedades del active directory por ej para establecer la ruta de perfiles moviles \\servidor\perfiles\%username%