Buenas,
Primeramente felicitarte por adquirir dicho cacharro dado que sinceramente es muy bien aparato y tiene muchas posibilidades, personalmente creo que hiciste bien en comprarlo, te voy contestando a tus dudas una a una :
> ¿realmente es bueno el cambiarle el frimware, si con el que trae parece que va todo bien.?
Bueno, esto es el cuento de siempre, el fabricante -solo- gatantiza que va a funcionar el aparato con sus firmwares, si le metes cualquier otro firmware -PIERDES- la garantia, pero evidentemente ganas muuuuchas otras funciones, tienes que ver si te compensa la eleccion, personalmente elegi el pasar el firmware a openwrt y estoy encantado sinceramente.
> de momento no uso el tema del wireless, ya que tengo los PC con cable, ¿ seria mejor desconectar el sistema wireless o desmontar las antenas?
Esto es mas jorobadillo, no recuerdo ahora mismo si el firmware de fabrica te permitia desactivar el interface de la wireless o simplemente "aislarlo" por defecto si mal no recuerdo lo que forma es un "bridge" (un puente) (el interfaz br0) entre la vlan de los puertos ethernet de la LAN (vlan0 en v2 de wrt54g) y el interface de la WLAN (eth1 en v2 de wrt54g), la historia seria que si deshabilitas el bridge y con las reglas de filtrado ignoras todo tipo de trafico que conecte por ella, pues te evitas de historias, dudo mucho de que pueda ir la cosa a "mas", personalmente no quitaria las antenas, despues ponte a buscarlas.. siempre he creido que todo juntito que sino despues para encontrarlo se pasa muy mal, por sino se nota soy un tanto desordenado jajaja, supongo que esto depende de como tu seas para estas cosas, pero aun asi eso -no- te garantiza que no haya conectividad en la WLAN, por ello creo mas interesante lo anterior.
> ¿si quiero usar algun programa en el que esten en red los dos ordenadores, es necesario el abrir los puertos o no hace falta?
En principio todo lo que se encuentre en el mismo segmento de red (siempre hablando de la LAN o WLAN mientras este el bridge activo) no necesita ningun tipo de configuracion extra a no ser que hayas configurado previamente reglas de filtrado, si te refieres desde la WAN a la LAN.
Espero haberte sido de ayuda, cuidate y suerte!