¿Exactamente a qué te refieres con "cliente buenecillo"?
Te cuento mi experiencia. Lo usé durante largo tiempo (¿dos años?) para la red eDonkey y aunque no tenía prisa en bajar los archivos sí observé que era mucho más lento que eMule/aMule, esto es, cargando el mismo archivo e iniciando el programa desde cero (sin créditos) MLDonkey se eternizaba y aMule iniciaba más rápidamente la descarga y la mantenía más estable. Este comportamiento se mantenía en el tiempo y uso. Utilizaba la misma configuración para los dos clientes. Había archivos que bajaban a todo meter pero nada distinguible respecto de aMule, todo depende de la cantidad de fuentes y solicitudes que reciban los clientes.
Probé el cliente BitTorrent de MLDonkey pero me pareció muy flojo de opciones y las tasas de transferencia quedaban por debajo de un cliente BitTorrent dedicado. En cuanto a que permite conectar a varios servidores de la red eDonkey, no noté mejoras con respecto a conectar a un único servidor y de hecho es una característica que antiguamente era penalizada por otros clientes de la red, desconozco si sigue ocurriendo. De todos modos desde hace tiempo el uso de los servidores está cayendo en desuso a favor de la red descentralizada Kad, y el rendimiento de los servidores deja mucho que desear.
Me decidí a probar MLDonkey porque quería un cliente no GTK, lo usé como servicio sin GUI y conectaba desde el navegador, al final acabé volviendo a aMule-Gtk por todo lo comentado -creo que ahora tiene demonio aunque no lo he usado-. De esto hace ya más de dos años aproximadamente y puede que MLDonkey haya mejorado. No quita que a ti te pueda funcionar de lujo, es un buen cliente pero con :-)
Al margen de esto, a pesar de tener optimizada la configuración de aMule y compartir mucho y a una velocidad de subida de 40-50 KB/s, me cansé de esperar las largas colas y velocidades de descarga para mí irrisorias, incluso con muchas fuentes (+300). Lo mantengo para archivos MUY raros, hay mucha gente que se mantiene fiel a la red y comparte mucho archivo... la verdad es que a veces pecamos de "consumistas" y buscamos archivos imposibles de los que podemos pasar perfectamente. Antes los archivos de BitTorrent eran reflejo del contenido de la red eDonkey, pero por lo que tengo visto se ha dado la vuelta a la tortilla: lo que se sube a BitTorrent acaba en la red eDonkey y no al revés.
Ahora mismo uso la red BitTorrent, en Linux principalmente uso rTorrent pero he usado mucho tiempo Transmission, un cliente muy liviano y sencillo, y tanto KTorrent como Deluge son excelentes. En Windows uso uTorrent, ligero, simple y potente, ¿se puede pedir más?
Probé la moda de la descarga directa (realmente es el sistema conocido más antiguo) cuando comenzó el boom. JDownloader es divino divino y normalmente copaba el límite de velocidad de mi línea (~900KB), el resultado en este aspecto era inmejorable, pero me cansaba de los enlaces rotos, de buscar contenido en decenas de webs, de los archivos particionados RAR, de los contenidos borrados, los tiempos de espera y los bloqueos(reseteos) de IP que imponían los servicios de alojamiento. Por otro lado suponía que algún día el almacenaje en un servidor iba a tener problemas legales y este modelo de compartición iba a ser muy atacado, tambien por ser el más novedoso y estar en boca de todos para el control de la piratería; ya ocurrió antes con eDonkey2000, Audiogalaxy, Napster, etc. etc. No me equivoqué.
De cualquier forma las tasas de transferencia de BitTorrent no tienen nada que envidiar a la descarga directa y además me parece un modelo de compartición más favorable al P2P (uno a uno), sin "intermediarios", por no decir que el protocolo es mucho más que potente (descentralización, hashes, control CRC, posibilidad de pausar la descarga, contenedor sin necesidad de particionar los archivos, etc. etc.) en comparación a la descarga directa.
Según tus comentarios, si vas usar principalmente el protocolo BitTorrent te recomiendo un cliente dedicado y no MLDonkey, probablemente comsumirá menos RAM y será más eficiente en su tarea.