El problema se puede llamar "contactos".
Fíjate en los contactos de los PenDrive que sí van bien, y en los contactos de los que no van bien. Si hay ligeras diferencias en estos, en cuanto a grosor o longitud, podría ser que no hagan bien contacto con las inserciones USB, tanto de la placa como de la caja.
Ten en cuenta que los contactos traseros vienen soldados de fábrica en la placa base, y esos son los que deben funcionar sin problemas. Si te los diera probablemente habrías de cambiar de placa. Los puertos USB delanteros, creo que vienen incluidos en la caja, y se ponen en contacto a través de un cable de unión con la placa madre.
Si esos son los que te dan problemas, tal vez se puedan cambiar los contactos simplemente.
Las uniones a puertos USB, a veces, son muy jodidas y no delatan un problema claro de hardware.
Por ejemplo, durante toda una mañana me dio problemas un MP4. Windows decía al principio que reconocía el MP4 y luego que los archivos estaban corruptos. Luego que no lo reconocía. A veces grababa algo, a veces no. Se corrompían los archivos.
Estaba desesperado, hasta que me fijé en que el cable USB que me suministraron para conectar el MP4 al ordenador, era de una pésima calidad. Probé con uno muy bueno, con núcleo de ferrita incluido que tenía de mi cámara digital, y misteriosamente, todos los problemas de falta de reconocimiento y archivos corruptos desaparecieron en ese instante.
Si no fuera esto desmonta la caja y fíjate si los cables están colocados y los jumpers de la placa correctamente colocados. Lo sabrás al descargarte el PDF de la placa desde el fabricante. Hay mucho chapuza y mucha falta de tiempo y, a veces se olvidan de conectarlos correctamente.
Un saludo.