a ver en el panel de control, en opciones de energia, como tienes asignados los botones, es decir, si tienes un ordenador con acpi, en windows puedes programarle los botones de poweroff y suspend, normalmente en la caja casi todos solo tenemos el de apagado, quizas los botones esten mal mapeados y esten puesto el uno por el otro y eso influya en como apaga windows el equipo.
Eso es solo una hipotesis, no puedo darte ninguna seguridad, si eso no te va, intenta reinstalar los controladores de acpi, en la lista de dispositivos, y si tienes un ordenador con acpi, en la rama de sistema te saldra ordenador con soporte acpi, si no tienes acpi te pondra seguramente pc estandard, pues en el caso que te salga el acpi dale a reinstalar el controlador a ver si te soluciona el tema.
P.D. si con todo eso te sigue sin ir pon mas datos en el post, modelo de placa base etc.