Es que no se trata de que "des tu mail". Se trata de si tienes o no tienes una "dirección electrónica habilitada". Se trata de un recurso de la administración a disposición de los ciudadanos, que debe cumplir una serie de requisitos muy estrictos para que las notificaciones sean fehacientes, como el sellado de tiempos, que deje constancia de las notificaciones, que deje constancia de que has recibido la notificación, etc. etc. Este "recurso" se asocia a una dirección de correo, que también debe cumplir unos requisitos mínimos de seguridad. Todo esto es necesario para que las comunicaciones electrónicas puedan tener valor legal.
Como ves, no es tan simple como poner en un formulario tu dirección de mail, es más complejo. De hecho, el Servicio de Notificaciones Telemáticas Seguras no necesita enviarte un mail a ningún sitio; sólo necesita comprobar (a partir de tu nombre y DNI, por ejemplo) que tienes una "dirección electrónica habilitada" y entrega en ese buzón la notificación. El mail, si existe, se genera automáticamente a posteriori.
Como bien dices, en un procedimiento iniciado por el interesado, éste elige el medio de comunicación que quiere que se use. Para los procedimientos iniciados por la Administración, me imagino que tendrás una especie de perfil de usuario en el que figura el medio de comunicación preferido por defecto. En cualquier caso, el uso de medios electrónicos debe ser expresamente solicitado o autorizado por el interesado; de lo contrario, se usarán medios tradicionales.
