Yo tb suelo necesitar MsDos a menudo para hacer algunos desarrollos en C++ (si si... ya se q es un SO muerto... xo q se le va a hacer... mientras en la facultad no se reciclen un poquito...). Te comento como lo tenía montado yo cuando usaba 2000 con NTFS (con XP es lo mismo):
Una partición formateada en NTFS con XP instalado, programas, etc...
Una partición formateada con FAT32, con la versión de MsDos que traía Win98, bien configurado con los drivers necesarios, y los programas q requieran de MsDos en modo nativo (nada de tenerlos en NTFS).
Por último, utilizaba o bien el gestor BootMagic incluido con Partition Magic, o algo más barato a lo q me incliné luego y es a utilizar el propio gestor de arranque del XP. Para ello se necesita una pequeña utilidad llamada bootpart.exe (búscalo en google, es freeware). Con él podrás configurar a tu antojo el menú de arranque de XP/2000/NT.
Ahora me decanto por utilizar FAT32, desde q un día le dió por no arrancar y no pude acceder a mis datos (el NTFSDOS estaba dentro del disco duro... q por cierto existe la versión Pro q permite escribir). Y voy a probar eso del wmware q parece interesante... Salu2.