Creo que intentas darle una utilidad a algo que no está diseñado para ello y que te va a salir por un pico.
En mi opinión lo haría de la siguiente manera y sería lo menos complicado (que no fácil)
Tirar un cable a cada punto (Sería el + del led) y otro que una todos los leds (-).
al principio de la maraña tendrías 3001 cables (3000 + y un -)
simplemente un panel con 3000 pulsadores que conectarían el positivo con el led y encendido.
Si quieres que sea más fácil y en plan controlado por ordenador o pda podrías hablar con alguien que controle microprogramadores y te diseñen algún aparetejo para controlarlo a través de un puerto paralelo (que es algo medianamente simple).
Con esto te ahorras los switch (126 unidades de 24p), los teléfonos (30001 unidades), el cableado ethernet (muchísimos metros), la centralita.
Piénsalo, pero creo que intentas algo poco factible, poderse se puede, pensado para ello no está