Pueden ser 10000 cosas. En primer lugar comentar que la velocidad del micro se obtiene a partir de un PLL que multiplica la velocidad de referencia de la placa base, que suele ser la del bus, por eso, dependiendo de cómo obtenga las velocidades tu placa base, tendrá un oscilador maestro funcionando a 66, 100 o a 133MHz (del que deriban los demás relojes para el PCI, las antiguas ISAs, etc). Estos osciladores funcionan con cristales de cuarzo o bien resonadores cerámicos, aunque lo común es lo primero. Estos componentes se usan en osciladores (quartz watch, por ejemplo) porque son muy precisos, pero no son exactos, es decir, varían con las condiciones de funcionamiento. Para propósitos de un ordenador personal está bien, pero son precisos hercio por herzio. Por ejemplo, si hace frío, el cristal se contrae y la frecuencia de oscilación aumenta, si hace calor, el cristal se dilata y la frecuencia cae. Además, un oscilador armónico (que generen ondas cuadradas por ejemplo) variará ligeramente su oscilación con su voltaje de alimentación, debido a que si es más alto, tardará más en caer desde Vcc a 0 y en subir de 0 a Vcc, lo que aumenta el periodo de oscilación ligeramente y por lo tanto disminuye la frecuencia (por eso los micros más rápidos cada vez funcionan con menos voltaje de núcleo, además de que cuanto más duran esos flancos de subida y bajada, más energía se desperdicia y se transforma en calor). Quizás si el oscilador de la placa base en lugar de estar alimentado a 5V estaba a 4.7V (porque la fuente ya no daba abasto), esa pequeña diferencia de 0.3V quizás proporcionaba unos cuantos KHz extra, que por acción de los multiplicadores de placa y micro, elevaban la cantidad a 6MHz.
Ahora bien, quizás esa diferencia en megaherzs responda a alguna razón esotérica que no entre en este razonamiento, pero creo que es más que los osciladores de los ordenadores, son muy precisos (lease estables), pero no son exactos.
PD: Escribo esto a través de mi lista de proxies (via mproxy), porque se ve que el de telefónica está petando y tengo que jugar a la lotería para que me abra alguna página. He disho.