Mejorar colores de un vídeo

Sí se puede. Avidemux tiene filtros para aumentar la saturación de los colores, por ejemplo (y otros muchos). Para usarlo mediante la línea de comandos, tienes que currarte el comand avconv (teclea man avconv y a disfrutar). O quizás puedas echar un ojo en el comando avidemux, quizás. No recuerdo cómo lo he hecho otras veces.

Los programas de manipulación de vídeo por línea de comandos, si bien son potentes, son bastante complejos y con una curva de aprendizaje demasiado alta.

Te aconsejo Avidemux, que no es un comando, sino un editor con GUI. No es tan bueno como otros de Windows, pero es lo que hay.