Es malo tener 2 ventiladores?

No, lo que ocurre es que hara mas ruido.

una cosa, pa que quieres poner dos ventiladores uno encima de otro, para enfriar la CPU?? yo creo que por experiencia te recomiendo que ese ventilador lo pongas en la caja sacando aire caliente de manera que te haga un circuito de aire, piensa que por muchos ventiladores que metas si no consigues un circuito de aire, lo unico que haces, es remober siempre el mismo aire recalentado de dentro de la caja, y no sirbe para nada.

espero que te sirba el consejo ;-) ;-)

Yo estoy totalmente deacuerdo con lo que ha dicho Dani_nec

dado que los flujos creados no se suman, ademas el ventilador que esté tras el 1º estara forzado y perdera efectividad.

Poner los vetiladores como dices no te valdra de nada.
Ponlos como te dice Dani.Bien sacando aire para q se cree,un flujo continuo y asi renovarlo o bien aspirandolo,el ventilador de la fuente sa encargara de sacarlo.
En el procesador lo q debes tener es un buen disipador con su ventilador correspondiente

saludos :-)