Dependiendo de que distro uses, el instalador te dejará poner unos parámetros de arranque distintos para cada núcleo, en debian creo que la opción era algo así como linux26 (pulsa f1 y verás la ayuda con las opciones), en gentoo por defecto es un 2.6 des de hace un tiempo, en fc a partir de la 2 tambien es un 2.6; nose de las otras.
Siempre hay una opción para arrancar la instalación con un 2.6.
Si lo que quieres es migrar a un kernel 2.6 des de un 2.4 lo mejor será que búsques una guía de migración para tu distro en concreto -> www.google.com
Editado: me dejaba lo del módulo. Si usas un kernel precompilado seguramente no te haga falta hacer nada. Si lo que quieres es compilarte tu propio kernel, el soporte para SATA está en SCSI device support > Serial ATA (SATA) support > y ahí escoge tu controladora. Nota: si vas a usar el sata como disco donde esté el SO no compiles como módulo, de lo contrario recibirias el típico error "VFS: root filesystem not found" con el que todos nos hemos topado alguna vez :P. Para cargar el módulo puedes hacerlo al inicio ponendo el nombre del módulo en uno de estos ficheros:
gentoo
/etc/modules.autoload/kernel-2.6
debian
/etc/modules.conf (creo)
consulta para los otros
Para cargar el módulo manualmente usa el comando modprobe
modprobe <nombre_módulo> como root
Saludetes!! y no desesperes nunca ;-)