Simplemente como información adicional, te explico porqué hay problemas.
Al arrancar el ordenador, se carga el gestor de arranque (MBR) para poder elegir el Sistema Operativo que desees. Si tienes Windows, e instalas Ubuntu u otra distribución, el gestor de arranque de Windows se elimina y se instala GRUB (en la mayoría de casos). GRUB te permite seleccionar entre arrancar linux o arrancar Windows.
PERO. Si lo haces al revés, tienes linux e instalas Windows, la instalación de Windows borra el GRUB y te mete el gestor de arranque de Windows. Este gestor de arranque de modo predeterminado no te permite acceder a linux, y por eso se queda "inarrancable".
SOLUCION: lo que te decía vukits, instala Windows en otra partición, y con un livecd de linux instalas GRUB, para que puedas acceder tanto a Windows como a linux cuando quieras.