Sobre los comandos: los básicos sí que son los mismos (o al menos muy parecidos) que en UNIX. Por comandos básicos entiendo cd, ls, man, chmod, mkdir, grep, find, cat, etc etc... a grandes rasgos podrás encontrar los mismos que en un entorno UNIX. ummm ahora mismo no tengo apuntado ningún tutorial al respecto, pero no debe ser difícil encontrar uno (busca "tutorial de bash" p.ej.). Estos funcionan igual en cualquier linux.
Pero luego cada distribución tienen comandos específicos, que más bien son programas o scripts que unas distros tienen y otras no. Por ejemplo herramientas que faciliten la configuración de la red o del entorno gráfico, cada distro traerá las suyas o no. Otro ejemplo es la instalación de paquetes, son diferentes sistemas y comandos según el SO que uses. Debian usa APT, las basadas en Red Hat urpmi (¿o esta es solo de Mandrake? que alguien me corrija...).
Sobre este tema de los paquetes solo te puedo hablar de Debian, te lo resumo para que te hagas una idea, y además tb te vale para Knoppix. Primero tienes un fichero de texto donde se escriben las URL de los repositorios públicos de paquetes (fuentes). Este fichero es /etc/apt/sources.list y después de instalar existirá ya y tendrá las URLs básicas de los repositorios principales de Debian. Según te vayas sintiendo cómodo con el sistema, podrás ir añadiendo fuentes a más repositorios (o cambiar las que ya tienes).
Los comandos de uso más típicos trabajando con paquetes son:
# apt-get update --> Se conecta a las fuentes para leer y actualizar la lista de paquetes que sirve cada una de ellas (no tienes porque hacerlo siempre, solo si llevas mucho tiempo sin actualizar o si te da algún error el paso siguiente).
# apt-get install --> descarga e instala paquetes, incluidas las dependencias necesarias.
# dpkg -l --> Podrás ver si tienes o no instalado un paquete (admite comodines *)
# dpkg -r --> Desinstalar paquete.
# apt-cache search --> Presenta una lista de paquetes que incluyan la(s) palabra(s) clave en su descripción (es lo que utilizarás cuando digas "quiero saber el nombre del paquete que sirve para...")
# apt-cache show --> muestra una descripción más detallada de para qué sirve el paquete.
# apt-get upgrade --> Busca, descarga e instala versiones actualizadas de los paquetes actualmente instalados en tu sistema.
Igual te parece complicado, te aseguro que la dificultad es la mínima que siempre encuentras al empezar con algo que no conoces, enseguida te haces con el manejo.
Esto para distribuciones basadas en debian (eso incluye a knoppix). Antes de buscar o pedir documentación sobre el tema de los paquetes debes decidir qué distro vas a usar porque el sistema cambia completamente de unas a otras. El punto fuerte de Debian es precisamente su sistema de paquetes por la cantidad y variedad de estos y su buen funcionamiento en general. La parte floja es la instalación, más complicada porque no autodetecta tu hardware, tienes que indicarle tú las marcas y modelos de los componentes de tu ordenador uno a uno buscando en largas listas de drivers. Si no los conoces bien te recomendaría otra distro (SuSE, Mandrake, Fedora, etc etc) pero que no sea knoppix, estoy de acuerdo en lo que te han dicho ya al respecto.
Saludos.