La mejor opción como ya te han comentado sería una toma RJ45 en cada habitación y con su correspondiente cable hasta la habitación donde vayas a poner el router.
Para el teléfono, puedes ir "empalmando" las diferentes habitaciones hasta llegar a la toma de entrada (PTR) de tu vivienda.
Lo que sí te recomiendo es que el chispas te ponga instalación separada para datos y eléctrico, con el fin de evitar interferencias. Es decir, que los cables eléctricos vayan por sus tubos corrugados por dentro de la pared y los cables de datos (teléfono, antena TV y red) vayan por otros tubos específicos para ellos. Pídele presupuesto al eléctrico porque ésto puede encarecer notablemente la instalación.
Respecto a las terminaciones, para las habitaciones tienes cajas empotradas de N zócalos (huecos), en las cuales puedes tener X txukos (enchufes), 1 toma RJ45 para ordenador y 1 toma RJ11 para teléfono. Por ejempo, en una caja de 4 zócalos podrías tener 3 enchufes y en el 4º zócalo tener las dos tomas RJ45 y RJ11 (esto es posible ya que las tomas RJ45/RJ11 solo ocupan 1/2 zócalo cada una)
Por último, respecto a recibir los cables en la habitación donde vaya el router, te recomiendo lo mismo, una caja empotrada de N zócalos pero solo con conectores RJ45 (recuerda que cada zócalo admite 2 tomas RJ45).
PD: Aunque imagino que te habrán presupuestado cableado de red Cat5e, plantéate la posibilidad de emplear Cat6 para mejorar la calidad de la conexión y preparar el cableado para una posible red a 1000Mbps. La diferencia de precio entre cableado Cat5e y Cat6 no es mucha, así que te lo puedes plantear.
PD2: Te indico la web de un sitio donde tienen muchas cositas de estas con precios y todo para que tu mismo eches un ojo y te hagas tus números.
cablematic.com/en
Saludos y felices fiestas.