Partiendo de la base de que me parece una barbaridad tener un HDD sin particionar con 3Tb....., en mi opinion tendria una particion pequeña para el sistema de por ejemplo 100 Gb, y otra o más hasta completar la capacidad del disco, sino quieres reinstalar el sistema, con, (por ejemplo), MiniTool Partition Whizard (gratuita), redimensionaria el HDD hasta los 100 gb, por ejemplo, y entonces creas la imagen con ghost, acronis etc., y la guardas.
Debes de tener en cuenta que esa imagen creada de 100 gb con el sistema para recuperarla de nuevo el HDD donde la vayas a clonar debe de tener como minimo 100 gb, sino, no podras clonarla, si es mayor no pasa nada.
Mi consejo...., particiona ese HDD de 3 Tb.