Modo anónimo lo que hace es no enviar el otro peer la información de qué cliente estás tú usando. Es decir, el otro lado no sabrás si estás usando qBittorrent 3.2, nTorrent 2.1, o Bitcomet 4.0, por ejemplo. Además creo que desactiva la función DHT (con lo cual no es aconsejable usar el modo anónimo). No sirve para ocultar la IP porque entonces sería sencillamente imposible que funcionara cualquier protocolo P2P con conexión directa entre los pares.
Aquí tienes más información oficial: github.com/qbittorrent/qBittorrent/wiki/…onymous-Mode
¿Que algún tracker o algún Peer ha logeado lo que has descargado? Pues bueno, información 100% inútil, allá ellos en qué quieren desperdiciar su espacio en disco. IP != persona.