Creo que tal vez entendemos cosas diferentes sobre "bajo nivel". Mi "bajo nivel" implica ir más allá del posicionamiento de un cabezal sobre un determinado cilindro y sector; implica cambiar la geometría de rotación de los bits y eso no se hace desde los discos de 20 GB o antes.
¿Lo que quieres hacer es simplemente borrar un disco IDE/SATA/SCSI de tal forma que quede completamente limpio como cuando lo vendes en la tienda, que ni está particionado ni formateado ni nada? Fácil. Usa cualquier borrador que ponga ceros.
Supongo que preguntas por DOS por no hacerlo desde Windows, claro está, ya que si lo haces, entraría en marcha ese Crypt 2000, ¿no? Pero recuerda que no solo hay disquetes para arrancar un ordenador. Personalmente usaría la opción de borrado simple desde el CD autoarrancable de Acronis Disk Director, que incluso lleva los algoritmos de borrado a 5 pasadas del Ministerio de Defensa de los EEUU ... para paranoicos solamente.
Para soluciones gratuitas, cualquier Linux LiveCD y con el comando 'dd' meter a saco /dev/zero en todos los sectores.