Pueden hacerlo desde hace mucho tiempo. Discriminar tráfico por puerto es una tecnología sobradamente desarrollada. Es más, ahora incluso se puede reconocer el tráfico del emule aunque uses otro puerto diferente al estándar.
Si no te referias a un "puede" técnico, sino a un "puede" de permitido legalmente. Pues creo que no está explícitamente regulado, pero no soy experto en el tema. Sé que está prohibido que escuchen tus transmisiones, pero no sé hasta que punto clasificar tu tráfico es legalmente escuchar tus transmisiones.
Salud
PD: Olvidé comentarte que para evitar filtrados rudimentarios, la práctica sugerida por S.E.D.G. debería ser de extendido cumplimiento. Yo soy del 11% (según mi emule) que usa puertos no estándar. Deberiamos ser el 100%.