Gracias a todos:
El problema ya hemos consegido acotarlo al 100% y sabemos cual es exactamente el problema. El origen es el "SBCore" que me genera los siguientes errores en el visor de sucesos de "Sistema":
1er error (id. de suceso: 1011)(15/09/2009 9:21:37)
Se han detectado en su dominio varios controladores de dominio que ejecutan Windows Server 2003 para Small Business Server. Para evitar que este equipo se vuelva a apagar, debe quitar del dominio todos los controladores de dominio excepto uno de ellos.
Para obtener más información, vea el Centro de ayuda y soporte técnico en (link roto)
2º error (id. de suceso: 1012)(15/09/2009 9:21:43)
Se han detectado en su dominio varios controladores de dominio que ejecutan Windows Server 2003 para Small Business Server. Este equipo se apagará en 60 minutos a no ser que quite del dominio todos los controladores de dominio excepto uno de ellos.
Para obtener más información, vea el Centro de ayuda y soporte técnico en (link roto)
3er error (id. de suceso: 1012)(15/09/2009 9:51:37)
Se han detectado en su dominio varios controladores de dominio que ejecutan Windows Server 2003 para Small Business Server. Este equipo se apagará en 30 minutos a no ser que quite del dominio todos los controladores de dominio excepto uno de ellos.
Para obtener más información, vea el Centro de ayuda y soporte técnico en (link roto)
4º error (id. de suceso: 1001)(15/09/2009 10:21:37)
Se apagó el servidor porque no cumplía los términos del CLUF. Para obtener más información, póngase en contacto con Microsoft.
Para obtener más información, vea el Centro de ayuda y soporte técnico en (link roto)
Desde que empezo a generarse el problema hemos descubierto que no pueden estar dos sbs en el mismo dominio (ese fue el primer fallo).
El segundo servidor se metio como seguridad del primero ya que el primero estaba dando los tipicos sintomas de estar muriendose (apagados repentidos, perdida de paridad en el raid, lentitud, etc etc).
Segun he estado investigando necesito decirle al servidor actual que el es el unico controlador de dominio en el dominio
Os agradezco a todos toda la ayuda que me estais proporcionando.