No solo es que sea una recomendación de Cisco, es que se puede liar bien parda solo por dejar una interfaz en auto.
Por ejemplo: Dejas una interfaz de tu firewall corporativo en auto. La negociación falla y se queda en half-duplex. Resulta que la CPU del firewall tiene que sobrecargarse para gestionar los buffers de la interfaz (por estar en half), utilizando cantidades de RAM proporcionales al volumen de tráfico y finalmente se llena para acabar dando un bonito kernel panic (o error equivalente) y quedándose frito o reiniciándose...
Todo por no forzar las bocas :-)
Siempre en conexiones que no sean de workstations es imprescindible forzar (servidores, routers, trunks, etc)
Saludos