Para el tema del wake on lan manual puedes utilizar WakeOnLanEx2 software.bootblock.co.uk/?id=wakeonlanex2
Si quieres automatizar el arranque de múltiples equipos, tendrías que hacerte un pequeño script y utilizar un comando de wakeonlan vía línea de comandos, eso programado en el equipo que siempre dejes encendido y a funcionar. Puedes utilizar el wakeonlan de nirsoft, mira en esta página el parámetro /wakeupmulti. Tienes más parámetros para arrancar todos los equipos de la red a la vez, .... nirsoft.net/utils/wake_on_lan.html
Para el apagado una tarea programada en cada equipo, ejecutando el siguiente comando. El 300 indica los segundos que le das de tiempo al usuario para que cierre todo. Puedes incrementar dicho valor o disminuirlo. El -f es para que aunque tenga cosas abiertas sin guardar se apague todo forzosamente.
shutdown -s -f -t 300